Je vůbec možné se zbavit nemoci COVID-19 a fikce okolo testování.

Úvaha nad několika příštími roky, možným scénářem návratu k normálu a testováním RT-PCR, LAMP a na protilátky.

Je vůbec možné se zbavit nemoci COVID-19 a fikce okolo testování.
Úvaha nad několika příštími roky, možným scénářem návratu k normálu a testováním.
Takže to první. Zbavit se nakažlivé nemoci, která se přenáší prakticky jen z člověka na člověka je v principu velmi snadné a u některých nemocí se to v minulosti také povedlo, jako jsou například pravé neštovice nebo SARS. Co je na to potřeba? Je to především vůle vlád, nyní díky rozšířené COVIDu prakticky všech zemí až na pár vyjímek, jako je Čína, Austrálie a Nový Zéland (tam COVID v podstatě není), a koordinovat své snažení. A pokud je tato vůle, tak už zbývá jen jediný faktor, a to je zabránit kontaktu nakažených osob s nenakaženými. Rád bych zde ale předeslal jednu věc, nemám snahu dělat chytrého, tyto principy o omezení šíření nakažlivých nemocí zná každý a nemusí to být nutně epidemiolog, takže nepochybuji o tom, že to znají i ministři naší vlády. Dnešní úvaha si ostatně ani neklade za cíl dávat nějakou knížecí radu, spíš probírám, co můžeme dále dělat. Ona je totiž jasná teorie, co je potřeba udělat, a pak realita, co je možné.
Takže jasné, omezit kontakty mezi lidmi. Jak prosté, že? Takže ideálně zůstaňte všichni doma, měsíc nebo dva nikam nechoďte a vše bude v pořádku. No jo, to se snadno řekne ale hůře zrealizuje. Číně se to povedlo a kdo zná realitu z Číny v prvních pár měsících roku 2020 tak ví, že to nebyl žádný zázrak, prostě nikdo nikam cca dva měsíce nechodil, jeden člověk z rodiny mohl několikrát týdně v určenou dobu nakoupit jídlo a lidé mohli do práce a z práce. A hlídalo se to až do doby, kdy se dva nebo tři týdny v daném místě žádný případ COVIDu neobjevil. Je velká škoda, že se zbytek světa nepřipojil, to už by tady dávno žádný COVID nebyl a polovičaté opakující se lockdowny by nebyly. Řeči, že v demokracii nebyl Čínský postup možný jsou totálně mimo, tuto metodu nulové tolerance ke COVIDu praktikuje i Austrálie a Nový Zéland. U nás to bylo také podobné jen s tím, že na nařízení lidé vcelku kašlali, byly otevřené zbytečné obchody jako jsou květinářství, narvaná obchodní centra, přes hranice mohli pendleři, takže s veselou myslí přenášeli COVID mezi Německem a ČR. Nejhorší ale podle mého názoru byla nekoncepčnost v rámci Schengenu, zamořená Itálie, Španělsko a Francie, nicnedělání UK v rámci iluze promoření, Holandska a Švédska a pak uvolnění opatřeních dříve, než byl COVID odstraněn. Tudíž mezi námi zůstal a máme ho nejspíš na vždy.
Co bude dále se uvidí, ale nevypadá to zrovna růžově. opakující se tvrdší či měkčí lockdown, plno řečí politiků co občané musí ve stylu káži vodu a piji víno, jako je zavření restaurací a jejich návštěvy politiky, přesn těmi, kteří tvrdí, že restaurace musí být zavřené. Pak je vcelku pochopitelný nezájem lidí vůbec politiky vnímat. No a především žádná koncepce na ukončení této mizerné situace, žádné světlo na konci tunelu, jedině až bude naočkováno přes 70% populace tak se to snad zlepší. Udělat lockdown, co měl být na začátku je teď už nejspíš nereálné.

Pár poznámek k testování na COVID. V případě, že dojde k vašemu kontaktu s nakaženou osobou, může se na vás infekce přenést a virus se začne množit a vaše tělo s ním prostřednictvím imunitního systému začne bojovat a vytvářet protilátky. Takže sekvence událostí je nákaza, existence virů ve vašem těle a tvorba protilátek. Dochází k postupnému nárůstu koncentrace virů, pak dojde k nastartování imunitního systému a tvorbě protilátek, nárůst počtu virů se začne zpomalovat až se zastaví a postupně se začne počet virů snižovat. Koncentrace protilátek má podobný, ale opožděný průběh. Existují dva typy testů, detekce přítomnosti nukleových kyselin, konkrétně RNA a protilátek. Oba testy mají své výhody i nevýhody.
Specifická sekvence se detekuje primárně pomocí polymerázové řetězové reakce. Hledá se DNA o délce řetězce okolo 100 nukleových kyselin specifických k sekvenci prvních a posledních cca 20 v řadě těch 100. Na to si koupíme uměle připravené sekvence těch prvních a poslednich 20 bazí, k tomu ještě nějaké chemikálie. Pak si vezmeme vzorek, ohřejeme ho nad teplotu tání DNA, kdy se dvojitá šroubovice DNA rozdělí na dvě jednoduché. Pak se vzorek ochladí na teplotu kolem 55 °C a pokud ve vzorku existuji komplementární sekvence k těm dvěma 20, které jsme přidali do vzorku, tak se na sebe “nalepí”. Pak se vzorek ohřeje na 72 °C a pomocí enzymu polymerázy a volných nukleových kyselin dojde k ukončení řetězce, takže z jedné molekuly DNA máte dvě. Tento cyklus se opakuje obvykle 40×, tedy teoreticky z původní jedné molekuly DNA jich můžete mít 240. V realitě je jich méně, ale pořád hodně. V podstatě se jedná o molekulárně biologické extrémně specifick násobení. To ale platí pouze o DNA. Virus SARS-CoV-2 neobsahuje DNA, ale RNA. To nijak nevadí, RNA je možné na DNA převést pomocí reverzní transkripce. Takže správně se metoda jmenuje RT-PCR a je to v nynější době standard pro detekci přítomnosti RNA SARS-CoV-2, tedy viru. Tady je trochu problém, protože metoda je sice vysoce specifická a pokud se RNA viru dostane až do objemu materiálu, který se ze zpracuje pomocí RT-PCR, tak ho tam laborant najde. Na stránkách Food and Drug Administration z USA jsou uvedené schválené postupy na detekci přítomnosti viru s tím, že se přesnost pohybuje od pár desítek molekul RNA v mL až po “rekordmana” z Bostonske společnosti s detekčním limitem 600 000 virů na 1 mL. to je koncentrace, že by pomalu ten virus měl být vidět pouhým okem. Je to samozřejmě nadsázka, ale metoda s takovým limitem je v celku na nic. Nejedná se ale o problém s RT-PCR, to má v principu schopnost detekce jediné molekuly RNA, ale o způsobu odběru vzorku a jeho následného zpracováním.
Nedávno vyšel další bombastický článek na téma "kloktacího testu na COVID". Bohužel se nejedná o test, ale pouze kloktací odběr vzorku. I tak to ale není špatné a pokud by se to ujalo, test by byl příjemnější.
A to mi připomíná, před nějakou dobou jsem četl, že RT-PCR běžně dává falešně pozitivní výsledky. V případě, že je celá laboratoř kontaminovaná RNA SARS-CoV-2, tak je to samozřejmě možné. Od toho je ale negativní test, jmenuje se to NTC (no template control), kdy se k RT-PCR reagenciím místo vzorku dá voda a tento test by se měl automaticky dělat s ostrými testy. Pokud NTC vyjde pozitivní, měla by se celá laboratoř dekontaminovat a testy zopakovat. Stejně tak by se měla dělat pozitivní kontrola, kde se k RT-PCR reagenciím přidá RNA viru, nebo jeho uměle připravená sekvence a tento test musí vyjít pozitivní. Pokud ne, reagencie byly připravené špatně. Takže pohádky na téma, že RT-PCR testy jsou běžně falešně pozitivní jsou zbytečné a jen ukazují neznalost dotyčného člověka, který tato moudra pouští do světa.
Také jeden známý politik před pár měsíci přišel s informací, že po optimalizaci testů LAMP (Loop-mediated isothermal amplification) což je zjednodušeně řečeno PCR za konstantní teploty a tyto testy budou stát 500 Kč. Asi chyběl v první třídě, když se děti učí rozeznávat čísla. PCR potřebuje dva primery, LAMP šest a slovy klasika "nevím, školy nemám, ale šest primerů pro LAMP asi nebude stát třikrát až čtyřikrát méně než dva primery pro PCR".
No a jedna lékařka s vynikající PR se nechala slyšet, že jejich testy jsou třikrát levnější než normální. Toho se dá vcelku jednoduše dosáhnout a není důvod z toho dělat takový humbuk. Původní testy byly na tzv. triplikáty, detekovaly se tři různé sekvence koronaviru, takže tři PCR. Pokud budete detekovat jen jednu, máte test 3x levnější a vesměs by to mělo stačit. My máme testy 100x levnější, akorát se stím nikde nevytahujeme, protože to sice je v principu pravda, ale zároveň hloupost. Místo obvyklého objemu 20 uL používáme jen 0.2, takže 100x méně a tudíž je to 100x levnější. Hurá
No a teď máme testy na protilátky. Mají podstatně horší jako specificitu, také selektivitu a delší latenci, tedy pozitivní test zachytí přítomnost virů později od nákazy, protože musíte mít v těle dost protilátek, aby je test našel a to nějakou dobu trvá. Jejich výhoda je v tom, že jsou podstatně rychlejší a méně náročné na odběr a zpracování vzorku. Nevýhoda je relativně velká chybovost.

Pár poznámek o očkování si nechám na příště. Hezký den všem a ať už to máme za sebou.