Mám dva dotazy. Údajně PCR test nehledá vir podle DNA, ale podle předem vybrané sekvence viru. 1) Je možné, že shodná sekvence vznikne také rozpadem nějaké jiné buňky než daného hledaného viru?

2) Píšete, že násobení DNA řetězců není proti průkaznosti testu. Přesto Portugalsko na základě expertů zakázalo soudně na základě PCR vyhlašovat někomu karanténu. Je možné, že by při násobení 20ti a 40ti byl výsledek jiný?

Těším se na odpovědi, padni komu padni!

V pohode, bavime se :-).

1. PCR hleda SARS-CoV-2 podle vybrane sekvence jeho RNA. Proto take puvodni testy podle Charite Berlin se delaly triplikaty, tedy hledaly se tri ruzne sekvence z RNA tak, aby byla zajistena prukaznost testu. Obvykle se pomoci real-time PCR hleda delka retezce kolem 100 bazi, tedy retezec skladajici se ze 4 ruznych aminokyselin, zkratkami A, C, G a T. Sance, ze by tech cca 20 bazi na zacatku a na konci (delky primeru) bylo shodnych s tou, kterou hledame, je velmi miziva. Pokud se ale pouziva lacinejsi PCR system s interkalacni fluorescencni barvou, tak by k tomu mohlo dojit, ale pak se automaticky zmeri teplota tani vznikleho DNA a to by byla sakra nahoda, ab i ta byla stejna. Presneji receno ta sance je 1:(2*4^20), coz je priblizne 1: 2*10^12. No a je dalsi moznost, pouzit PCR se sondou a tam by musela byt i souhra sekvence skoro celeho retezce, tedy cca 4^100. Zde je shoda uplne vyloucena.

A ted k vasemu dotazu z jine stranky. Hleda se vzdy takova sekvence, ktera je pro dany vir specificka a idealne z oblasti RNA viru, kde se nepredpokladaji mutace, tedy zmeny sekvence. To je prace virologa a je to jedina veda, ktera se v pripade navrhu primeru platnuje. Ostatni je trivialita a muj student strojniho inzenyrstvi to dela rutinne. Je to ale jen pro nase testovani, pokud by to melo jit do klinicke praxe, tak vstup virologa je nezbytny.

2. Pokud mate pri 20 cycklech negativni vysledek a pri 40 pozitivni, tak to jen znamena, ze mnozstvi RNA, ktere se dostalo do vzorku, je relativne male. Nekde dole jsem psal, ze pri hodnote "critical threshold" kolem 34 mate ve vzorku jedinou kopii RNA. To je porad o jednu vice, nez je pripustne :-).

Proc se Portugalsko chova jak se chova nevim, do hlavy jim nevidim. Kazdopadne poznamka na konec uz k PCR primo nepatri, ale pokud by se vsichni museli stejne testovat PCR bez ohledu na ockovani, tak zajem o ockovani pujde silne dolu.

Hezky den

Dekuji,

jste jeden z velmi mala lidi kteri zde pisi o veci, ktere opravdu rozumi. 99% zdejsich prispevatelu vystudovala za par minut vysokou viroepidemickou skolu na socialnich sitich internetu.

Dekuji. Hezky den

Děkuji Vám za popis metody. Jak jste naprosto přesně popsal, tak pozitivní výsledek znamená, že ve vzorku byl přítomen virus covidu. Pokud ale test neobsahuje kvantitativní hodnocení, tak při dostatečném počtu cyklů jste schopen identifikovat i jeden exemplář viru ve vzorku pokud tam je.

Pro mě z toho plyne pouze to informace o přítomnosti viru ve vzorku, ale nic o infekčnosti či nemoci testovaného jedince. Na druhou stranu chápu nutnost předběžné opatrnosti a izolace pozitivní jedince. Zde mi zcela chybí otestování jedince při ukončení karantény a kontrola bezinfekčnosti. Další pochybnost ve mě budí změny v délce karantény v naší zemi a velmi rozdílná délka v jednotlivých zemích.

Zapomel jsem to napsat. Pouziva se vesmes klon PCR ktery se jmenuje PCR v realnem case, tedy real-time PCR, take se mu rika kvantitativni PCR. V prubehu PCR se meri fluorescence vzorku, ktera je zaviska na mnozstvi DNA ve vzorku a to exponencialne stoupa, pokud tedy na zacatku nejake DNA ve vzorku bylo. Na displeji se objevi amplifikacni krivka a vy si zmerite, ve kterem cyklu se uroven fluorescence dostala na meritelnou uroven. Jmenuje se to Crititical Threshold (Ct). Cim drive to bylo, tim bylo ve vzorku vice DNA (a tedy pred tim i RNA). Cyklu se standardne dela 40, normalni vzorky maji okolo 20, 34 - 35 ma vzorek, ktery mel jednu molekulu DNA na zacatku.

Dejte si to vyhledavace obrazku real time PCR and tu krivku tam uvidite. Hezky den.

Díky za rámcový popis!

Nehodlám to studovat do detailu, tudíž ani pátrat na webech po podrobnostech, ale jedna věc by mě zajímala. Teploty reakcí jste popsal, to co mě zajímá jsou časy. Alespoň trochu popište, jak dlouho trvá jeden cyklus.

Děkuji!

Dobry den. Casy jsou ruzne, vlastni reakce muze byt velmi rychla, ale zalezi na schopnosti pouziteho systemy, tedy rychlost prenosu tepla mezi vzorkem a okolim a velikosti vzorku. My mame system, ktery je velmi maly (male mnozstvi vzorku) a jsme schopni udelat jeden teplotni cyklus za mene nez 10 s. Pred 3 lety Wittwer z Utahu v USA udelal "Extreme PCR" a sjel jeden cyklus za 0.4 s.

Vzorky PCR, ktere se pouzivaji na COVID se zpracovavaji pomaleji, cela reakce tak za 40 min az hodinu a nebo jeste vice. Nedela se ale jeden vzorek, PCR pouzivaji standardne 96 jamkove plastove desticky, pripadne dalsi formaty, jako jsou 384 a 1536. Tudiz mohou zpracovavat i pres 1000 vzorku najednou. Pred PCR je ale priprava vzorku robotem, aby laborantky nemusely pipetovat jak dive.

Nejdrive se odebere vzorek a vlozi do ruzove kapaliny. Ta obsahuje latky, ktere virus inhibituji, tedy konkretne rozpusti membranu viru a uvolni RNA. Tim se vzork stava neskodny. Pak se RNA prevede ze vzorku do PCR roztoku.

Přečtěte si např. americké CDC.gov nebo německý Institut R. Kocha: nemá smysl testovat bezpříznakové, u nichž není důvodné podezření na setkání s nákazou či že by dotyčný někoho nakazil (lze zvolit dobrovolně sebeizolaci, podle nejnovějších vědec. poznatků zpravidla stačí 5 - 7 dní, když např. člověk může pracovat doma). Nemá smysl testovat uzdravené z covidu, aspoň ne 3 měsíce po nemoci, většinou se zobrazují jako pozitivní, ale nejsou (kdyby na tom hodně záleželo, pravdivější výsledek by poskytl krevní test). V lokalitách s vyšší cirkulací viru má téměř každý na sliznici malé množství viru, které ale u bezpříznakových většinou znamená ne-pozitivitu, neinfekčnost. Je lepší netestovat zbytečně mladší a odolné jedince, kteří nemají s covidem zdravot. problémy, jen je poučit, jak se chovat při setkání se zranitelnějšími. Smysl má věnovat se správné celkové péči o lidi v sociál. ústavech, aby se jim nehoršily předčasně jejich různé nemoci, k tomu eliminace nákazy různých virů, např. i na chřipku mohou zemřít. Smysl má test na protilátky, jak pro očkované, tak neočkované - je to větší jistota bezinfekčnosti.

Pani Boskova, jsou lide, co veri na iluminaty, ze deti hosi cap a darky na vanoce Jezisek. A pak jsou dalsi, co veri, ze sice mate na sliznicich viry SARS-CoV-2, ale pritom nejste nakazliva.

Pozitivni PCR test SARS-CoV-2 vam sdeluje, ze mate v sobe viry SARS-CoV-2, nebo jste je jeste pred velmi kratkou dobou mela. Ona je totiz RNA dost nestabilni, takze to netrva dlouho nez RNA zmizi.

Test na protilatky vam nic o tom, jestli jste nebo nejste nakazliva nesdeluje, ale jen to, ze se testovany jedinec potkal s virem ci ockovanim proti tomuto viru. Hezky den.